Папа также являлся сувереном, который управлял Папским государством — широкой полосой территорий, охватывающих полуостров от Болоньи на севере до Террачины на юге. Владение этими землями, переданное Папе франкским королем Пипином Коротким и должным образом подтвержденное фальшивым "Константиновым даром", позволило понтифику смешивать политическую и духовную власть для своей величайшей выгоды. Территория Папского государства включала Романью, на которую нацеливались Венеция, Милан и Флоренция, Анконскую марку, герцогство Сполето, Кампанию, Лацио, Маренну и Беневенто.

Знатные семьи вели ожесточенную борьбу за контроль не только над городом, но и над папством. Избрание Папой одного из членов знатной семьи в некотором смысле являлось гарантией господства над Urbi et Orbi (Городом и Миром). Быть Папой означало, прежде всего, иметь тысячи церковных льгот по всему христианскому миру, которые можно раздавать своим родственникам и друзьям, укрепляя тем самым семейные позиции. Средневековые Папы использовали церковь для обслуживания своих семейных интересов. Отсюда важность назначения кардиналов, которые могли обеспечить большинство в Священной коллегии. Последняя включала в себя три категории: кардиналы-диаконы (администраторы Рима, возглавлявшие городские диаконаты), кардиналы-священники (приходские священники самых престижных приходов Рима) и кардиналы-епископы (епископы пригородных епархий области Лацио). И лучше было назначать кардиналами молодых людей, которые могли обеспечить длительное служение интересам семьи, так Наполеоне Орсини стал кардиналом в возрасте двадцати пяти лет, в 1288 году, и в течение пятидесяти четырех лет защищал интересы семьи в Священной коллегии; через его руки прошли восемь Пап. Якопо Каэтани Стефанески также был назначен в возрасте 25 лет, в 1295 году, и умер в 1341 году.

В конце XIII века доминировали три клана: во-первых, Орсини, чьи владения располагались к северу от Рима, в Лацио, в Романье и в Неаполитанском королевстве. Один из них был избран Папой в 1277 году — Николай III. В 1295 году между ними произошел раскол в Священной коллегии: кардинал Маттео Россо Орсини выступал за Бонифация, а Наполеоне Орсини — против него. Колонна, враги Орсини, владели восточной частью Рима, Романьей и землями в Неаполитанском королевстве. Центром их власти была крепость Палестрина. В 1288 году они поддержали Николая IV, а в 1295 году стали злейшими противниками Бонифация VIII: кардиналы Джакомо и Пьетро Колонна вели против него беспощадную борьбу. Что касается Каэтани, то их возвышение было более поздним, но их власть была реальной, сосредоточенной в колыбели семьи, городе Ананьи, с несколькими разбросанными владениями к югу от Рима и крепостью Капо ди Бове на Виа Аппиа. Достигнув высшего положения, воспользовавшись соперничеством Орсини и Колонна, они намеревались максимально использовать возможности, предоставляемые положением понтифика.

Бонифаций VIII быстро предпринял шаги для укрепления своей власти. С 1295 года, без консультаций со Священной коллегией, он назначил пять новых кардиналов, сомнительного качества, но определенно преданных лично ему: своих племянников Франческо Каэтани и Джакомо Каэтани Томмази, а также Якопо Каэтани Стефанески, Пьетро ди Пиперно и Франческо Орсини. Присутствие последних в Священной коллегии позволило уравновесить и тем самым нейтрализовать Орсини и Колонна, получив при этом признание Орсини. Что касается других, то Стефанески, который, несмотря на свое имя Каэтани, не принадлежал к семье Папы, был молодым человеком двадцати пяти лет, меценатом, написавшим две большие исторические поэмы в пользу Бонифация. Франческо был развратником, "глубоко невежественным и недостойным", по словам Ногаре, женатым, который заставил свою жену дать обет целомудрия, чтобы стать кардиналом, что не помешало ей родить еще двух детей. У Папы также был третий племянник в Священной коллегии, Бенедетто, восемнадцати лет.

Среди главных задач, которые ставил перед собой новый Папа, — примирение христианских правителей. Хотя он потерпел неудачу в отношениях с королями Франции и Англии, он достиг большого дипломатического успеха с королями Арагона и Неаполя. 23 мая 1295 года он встретился с Федерико, братом Хайме II Арагонского, в Веллетри, а через несколько дней с Карлом II Хромым в Ананьи, где 20 июня был подписан договор: Хайме II остался королем Арагона, но отказался от Сицилии, которая была передана его брату Федерико II. Хайме также отказывался от Майорки, но получал право на завоевание Корсики и Сардинии, что будет сделано только в 1324 году. Федерико II, королю Сицилии, предложили брак с Екатериной Куртенэ, наследницей Восточной Латинской империи. Что касается Карла II Хромого, то он сохранил континентальную часть "Сицилийского королевства", то есть фактически то, что можно назвать Неаполитанским королевством.

Проблема Пьетро дель Морроне