В конфликте между Бонифацием и Филиппом он однозначно встал на сторону первого. Именно по его просьбе в конце 1301 или начале 1302 года он написал длинный трактат о церковной власти De ecclesiastica sive summi pontificis potestate (Главенство верховного понтифика), который фактически является апологией теократии. Его концепция обладает строгостью и прекрасной теоретической и логической простотой томистской демонстрации: Вселенная — это однородное и иерархическое целое, совершенный механизм, в котором власть низших подчиняется власти высших. "Духовная власть установила земную власть, и если земная власть ведет себя плохо, духовная власть может быть судьей". Короли владеют своим королевством по милости своей матери Церкви, а не по наследственному праву. "Божественный закон состоит в том, чтобы приводить вещи снизу к вещам сверху посредством посредников: светская власть королей является одним из этих посредников; она владеет мирским мечом, который уступает духовному мечу, и один должен быть подчинен другому, как низший высшему". Если бы короли подчинялись Церкви только в духовной сфере, то "меч не был бы под мечом". А тот, кто владеет двумя мечами, — Папа: "В Церкви воинствующей может быть только один источник власти, только одна голова, обладающая всей полнотой власти […] и два меча, без которых ее власть не была бы полной. Из этого источника исходят все остальные силы". Таким образом, Папа вверяет меч мирской власти королю, который может использовать его для управления светской сферой, но под контролем морального и духовного авторитета Папы. Последний, "подобно Богу, чьим заместителем он является здесь, внизу, зависит только от себя и не знает никаких правил, кроме собственного благоволения, никакого контроля, кроме осознания своей выдающейся ответственности".

Конечно, гражданская власть имеет смысл своего существования, который лежит в сфере природы и разума, но как промежуточная и вспомогательная власть. Она должна осознавать, что ее обычное функционирование, основанное на естественных законах, может быть прервано в любой момент вмешательством духовной силы, которая превосходит ее. В этой связи можно спросить, нет ли противоречия между De regimine principum 1279 года, написанным для короля, и De ecclesiastica potestate 1302 года, написанным для Папы. Это не так, Эгидий Римский описал отношения между двумя властями в 1279 году с помощью этого пассажа: "Как Бог обладает универсальной властью над всеми вещами в природе, согласно которой он может заставить огонь не гореть, а воду не течь, так он и управляет миром согласно общему закону, и, если нет препятствий с духовной стороны, позволяет вещам завершить свой ход, не препятствуя огню гореть или воде течь. Точно так же Верховный Понтифик, Викарий Божий, обладает, по-своему, универсальной властью над мирскими вещами, но, желая осуществлять ее в соответствии с обычным правом, если нет духовных препятствий, ему подобает позволить земным силам, которым вверены мирские вещи, вершить свои дела и свой суд". Эгидий Римский, который во время конфликта между Бонифацием и Филиппом написал, недавно обнаруженный, трактат Le Pouvoir du pape (Власть Папы), был одним из основных источников вдохновения для буллы Unam Sanctam, которая созревала в папских кругах летом 1302 года.

Иоанн Парижский и доводы в пользу короля