Более 3 миллиардов лет назад появились новые формы жизни, содержавшие вещество хлорофилл, благодаря которому они получили способность преобразовывать солнечную энергию для расщепления молекул воды, следствием чего стало построение молекул глюкозы. Двуокись же углерода (углекислый газ) в изобилии выделялась при ферментации более ранними формами жизни. Перестав зависеть от готовых молекул «первичного бульона», эти новые формы стали бурно развиваться и в ходе эволюции дали начало многообразнейшему миру растений. Свободный кислород — побочный продукт жизнедеятельности первых растений, обитавших в воде, на протяжении миллиарда лет насыщал воду и поднимался в атмосферу. Поскольку к тому времени океаны были заполнены простейшими зелеными растениями и кислород стал важным компонентом земной атмосферы, необратимо изменился ее первозданный, богатый водородом состав, окончательно уничтожив возможность зарождения жизни благодаря химическим процессам. Кислород, будучи смертельным для многих древних ферментирующих организмов, накапливался в атмосфере и через 1 миллиард лет создал условия для зарождения новой, более могучей формы жизни — живых существ. Появились микроорганизмы, которые для поддержания своей жизни стали соединять кислород с органическими веществами других и подобных им организмов или растений. Эти простейшие животные были отдаленными предками человека, постепенно усложнялись, превращаясь в более высокоорганизованные существа.
По остаткам, залегающим в разных слоях земли, можно определить период, когда примерно жило растение или животное, как долго существовал тот или иной вид, и даже предположить, когда и почему он вымер, судя по флоре (растительному миру) и фауне (животному миру) того периода, позволяющим определить особенности климата. Но в изучении истории жизни на Земле до сих пор существуют и нерешенные вопросы. Так, известный американский палеонтолог Джордж Гейлорд Симпсон считает, что «самое загадочное событие в истории жизни на Земле — это переход от мезозоя, Века рептилий, к Веку млекопитающих». Рептилии (пресмыкающиеся) появились около 300 миллионов лет назад и вскоре представляли чрезвычайное многообразие форм, среди которых были крупные и мелкие, хищники и растительноядные. Они распространились повсеместно: на суше, в воде и воздухе. Началась мезозойская эра, закончившаяся 155 миллионов лет назад. Это период процветания динозавров (дейнос — ужасный, заурос ящерица). Сейчас ученые на основании ископаемых остатков динозавров насчитывают около 250 видов, имевших различные формы и размеры. Одни были не больше курицы, другие, вытянув шею, могли бы достать до крыши четырехэтажного дома. Просуществовав 135–150 миллионов лет, эта процветающая форма жизни вдруг исчезла по непонятным причинам, о которых ученые до сих пор строят самые различные догадки. Но это лишь наиболее яркий пример изменения форм жизни в ходе времени. На каждый существующий ныне вид приходится множество вымерших.
По мере накопления сведений об исчезнувших видах животных уже никого не могла удовлетворить богословская трактовка многообразия и приспособленности (целесообразности) живых существ типа: «Так создал бог в первую неделю существования Вселенной!» Ничего не объясняло и телеологическое толкование строения живых существ как стремление всего живого к совершенству, восходящее еще к Аристотелю, который считал, что строение живых организмов обусловлено целесообразностью происходящих в них изменений. Схоласт Фома Аквинский в XIII веке, поясняя учение Аристотеля, утверждал, что все вещи в природе стремятся к конечной цели — богу.
Наиболее полно телеологические взгляды, согласно которым все в природе совершается для некой конечной цели, были сформулированы французским натуралистом и философом Жаном Батистом Ламарком. Он впервые попытался изложить стройную теорию эволюции жизни на Земле в своей книге «Философия зоологии» (1809). На основании палеонтологических данных он обратил внимание на процесс изменения во времени от мельчайших организмов до сложнейших растений и животных. По его теории, каждая группа организмов представляет независимую линию развития, возникшую в результате самозарождения и последующего постоянного стремления к самосовершенствованию. Однако, выявив изменчивость организмов во времени, он считал, что видов остается столько, сколько создал их бог. Отсюда обращение Ламарка к «верховному творцу» как источнику «первого толчка», пустившего в ход «мировую машину». Ламарк не смог проникнуть в сущность эволюционного процесса, понять его механизм.