Но чаще ученые, говоря о неведомом источнике, двигателе жизни, подразумевали какое-то сверхъестественное, непостижимое начало — «душу», то отождествляя ее с «умом», то противопоставляя ему. Так, согласно учению Платона (428 или 427–348 или 347 гг. до н. э.), «ум» — организующее начало всякого порядка, в том числе и жизни, воплощен в космосе, а именно в правильном и вечном движении неба. Он бестелесен и бессмертен. «Душа» же, будучи бессмертной, а также причастной к истине и вечным идеям, объединяет «ум» с телесным миром. Индивидуальную душу Платон считал частью «мировой души».
Идеи Платона развил его ученик Аристотель (384–322 гг. до н. э.), справедливо отмечавший целесообразность в строении живых органов. Но дальше этого он не пошел, все больше склоняясь к идеализму во взглядах на происхождение жизни. «Перводвигателем» мира он считал некую высшую цель всех развивающихся по собственным законам форм и образований. Аристотель также описал случаи самозарождения жизни в разных гниющих материалах, но полагал, что это является результатом воздействия духовного начала. Его учение господствовало над умами людей почти два тысячелетия и было взято на вооружение раннехристианскими теологами (богословами), на многие века затормозившими развитие естественных наук. Ученых, идеи которых противоречили религиозным догматам о божественном сотворении мира и человека, церковь жестоко преследовала.
Одной из первых жертв религиозного мракобесия стал великий Сократ, которому еще в 399 году до н. э. афинские жрецы вынесли смертный приговор, обвинив этого выдающегося древнегреческого философа в «поклонении новым божествам» и «развращении молодежи».
Начало нашей эры (415 г.) отмечено очередной жертвой фанатиков: зверским убийством монахами первой в мире женщины — ученого, математика, астронома, философа Гипатии (Ипатии из Александрии).
С созданием инквизиции в XIII веке, этого своеобразного католического «гестапо», число жертв церковного произвола значительно возросло. В 1210 году 20 профессоров Парижского университета, обвиненных в связях с дьяволом, с позорным клеймом «еретики!» были сожжены на «священном» огне трибунала католической церкви. История сохранила в памяти многочисленные имена ее жертв: Джордано Бруно, Галилео Галилея, Лючилио Ванини, Томмазо Кампанеллы, Казимира Лыщинского… На костре инквизиции в 1553 году погиб Мигель Сервет, открывший малый круг кровообращения, а через 10 лет по вине церкви погиб другой естествоиспытатель — Андрей Везалий… По примерным подсчетам, в результате деятельности инквизиции погибло 12 миллионов человек. Трудно даже представить себе, на сколько сотен лет назад отбросили прогресс науки и культуры «богоугодные» дела инквизиторов, благословляемых владыками Ватикана. Сколько невинной крови пролилось в застенках «слуг божьих»! Но инквизиции не удалось остановить научную мысль. Каждое поколение рождало новых мыслителей, за свои убеждения они готовы были идти на смерть.
Лишь XV–XVII века стали переломным моментом в развитии общественного сознания народов Европы, получив название «эпоха Возрождения». Однако этот период расцвета искусства и формирования научной мысли был сложен и противоречив. Добытые эмпирическим (опытным) путем истинные знания тесно переплетались с религиозным мистическим их объяснением. Даже такой прогрессивный представитель науки того времени, как Парацельс (1493–1541), заметивший в алхимии новое, экспериментальное на правление медицины и посвятивший свои философские труды изучению жизни и природы, не поднялся в их объяснении выше общепринятого богословского представления. Он справедливо полагал, что человек содержит в себе те же элементы, которые существуют в космосе. Однако, будучи убежден что элементы эти состоят из трех начал: материального, астрального (мистически связанного с небесными светилами) и бога, Парацельс утверждал, что, следовательно, и человек состоит из тела, души и духа. Жизнь человека будто бы руководит неосязаемая душа, так же как внешним миром руководи некая «мировая душа», невидимое сущее.
И все же именно в эпоху Возрождение ученые вновь обратились к стихийно материалистической трактовке идеи самозарождения жизни. Французский натуралист и философ Рене Декарт (1596–1650), все еще считая бога творцом материи, тем не менее допускал возможность самозарождения живых существ, отличающихся от человека отсутствием «духовного начала». И никто и ученых того времени не подвергал сомнении эту идею.
Однако итальянский врач Франческо Реди (1626–1698) экспериментально доказал невозможность самозарождения простейших живых существ — червей — в гниющем мясе, если к нему не дать доступа мухам, откладывающим яйца. Что же это? Тупик в эволюции жизни? Но человеческая мысль пытлива. Развитие оптики дало возможность выявить невидимые глазу микроорганизмы, которые появлялись в загнивающих или бродящих растворах, даже если они предварительно стерилизовались посредством кипячения. Это позволило вновь вернуться к мысли о возможности самозарождения.