23 мая Папа ответил: кардиналы Джакомо и Пьетро Колонна были отлучены от церкви, а их имущество конфисковано как у раскольников. Такому же наказанию подверглись сыновья Джованни Колонны, брата кардинала Джакомо: Агапито, Стефано, Джакомо "Скьярра", Джованни ди Сан-Вито и Оддоне. Все их имущество, земли и замки были конфискованы навечно. Они были объявлены непригодными для занятия любой юридической должности и изгнаны из Рима и окрестностей. Церковники, помогавшие им, лишились своих церковных должностей; их вассалы были освобождены от присяги верности. Бонифаций просто хотел уничтожить семью Колонна. Он приказал схватить двух кардиналов и их братьев.

Это были не пустые слова: в июне Папа поручил Ингирамо ди Бизарно возглавить небольшую армию, которой было поручено захватить имущество Колонна. Их города и замки были взяты, их земли опустошены: "виноградники и деревья были вырублены, амбары опустошены, стада расхищены, жители захвачены и убиты", — хвастался Папа в письме от 14 сентября. 14 декабря он даже объявил настоящую священную войну: погибшие в войне против Колонна будут пользоваться теми же привилегиями, что и крестоносцы. Город Палестрина был взят и стерт с лица земли.

В то же время Бонифаций организовал свою теологическую и юридическую защиту. Для этого он обратился к известному богослову Эгидию Римскому, члену монашеского ордена Святого Августина, чей труд Le Gouvernement des princes (О правлении государей) когда-то был основной книгой для обучения молодого Филиппа Красивого. Таким образом, он был старым знакомым короля Франции, но перешел душой и телом в папский лагерь после того, как в 1291 году посвятил Бенедетто Каэтани комментарий к анонимной Livre des causes (Книге причин). Назначенный архиепископом Буржа в 1295 году, он жил в Риме, и Папа поручил ему написать трактат, оправдывающий отречение Целестина V от престола. Сочинение было написано в мае-июне 1297 года, и было кратко, но убедительное. Опираясь на Аристотеля и Фому Аквинского,  Эгидий показывает, что если священнический сан нельзя сложить, то от юрисдикции можно отказаться. С другой стороны, когда Целестин V представил свое отречение кардиналам, Колонна присутствовали и не возражали; наконец, "несколько высокопоставленных лиц, которые еще живы, могут легко подтвердить", что кардинал Каэтани пытался отговорить Целестина от отставки, что более спорно. Жан Кост также обнаружил в архивах Ватикана черновик текста конца июня 1297 года, вдохновленный Бонифацием VIII, в котором говорилось, что последний сделал все возможное, чтобы убедить Целестина остаться на своем посту. Проповеди, которые доходили до широкой аудитории, также поддерживали точку зрения Бонифация, как, например, проповедь, произнесенная 8 сентября в Орвието кардиналом Николя де Нонанкуром.

Осторожное отношение Филиппа IV к семье Колонна 

Все это не обескуражило семью Колонна, которая боролась за свое выживание. 15 июня они распространили третий манифест "против тиранического и алчного правительства Бонифация VIII". В нем они заявили, что Бонифаций VIII "не побоялся поставить себя на место Целестина еще при его жизни, на наших глазах и на глазах других кардиналов, которые были смущены внезапностью этого действия". Они осуждали мошенничество и уловки, использованные Каэтани, чтобы вынудить Целестина уйти в отставку; они снова обвиняли его в том, что он хотел его убить, и призывали созвать собор, чтобы судить этого узурпатора.

Колонна знали, что их единственный шанс на победу — это сплотить сильных мира сего по всему христианскому миру. Вот почему они посылают свои манифесты архиепископам, "королям и государям всего мира". И в особенности, конечно, королю Франции, который мог стать первоклассным союзником: его ссора с Бонифацием в 1296 году сделала его естественным сторонником противников Папы. Поэтому копии их манифестов были направлены ему. Копия первого манифеста до сих пор хранится в Trésor des Chartes (Сокровищнице хартий) в Париже; другие, адресованные французским архиепископам и ректору университета, находятся в архиве Ватикана. Семья Колонна также разослала своих представителей, например, настоятеля доминиканского монастыря Святой Сабины в Риме, который был распространителем этих манифестов, и который, как говорят, тайно встречался с Филиппом Красивым, прежде чем был схвачен и убит агентами Бонифация в июне.