Проистекал ли ужас Бонифация VIII перед расчленением тела из личного опыта, или за ним скрывался страх смерти и неизбежного истления плоти? Биограф Папы, Агостино Паравичини Бальяни, задается этими вопросами и предполагает свой вариант ответа: это было желанием Папы, с манией величия, распространить свою власть на царство мертвых, властвовать над живыми и мертвыми, контролировать одушевленные и неодушевленные существа, живые тела и трупы. В булле Ausculta filii от 5 декабря 1301 года Бонифаций VIII даже утверждал, что Папа обладает судебной властью над мертвыми: Петр получил "ключи Царства Небесного и был назначен Богом судьей живых и мертвых". Это явное распространение папской власти над мертвыми само по себе удивительно. В любом случае, это говорит о том, что Бонифаций VIII запрещая расчленение тел, считал, что его (судебная) власть распространяется также на мертвых и их тела. Эта интерпретация, похоже, подтвердилась четыре месяца спустя: в феврале 1300 года Бонифаций обнародовал свою буллу во второй раз, точно так же, как он разрешил Филиппу Красивому обезглавить труп своего деда и перенести голову из Сен-Дени в Сент-Шапель. Только Папа Римский мог дать разрешение на расчленение мертвых.

Договор в Монтрё (июнь 1299 года) и его последствия 

Но больше всего проблем ему доставляли живые люди, в частности, в 1299 году — король Англии. В этот период Филипп Красивый фактически был союзником Папы, и король Франции умело воспользовался этим. Папский арбитраж в июне 1298 года был благоприятен для него, но это был только арбитраж, который оба короля приняли и который им теперь предстояло оформить в виде мирного договора в надлежащей форме. Переговоры заняли всю первую половину 1299 года. Арбитраж предусматривал возвращение к статус-кво в отношении Аквитании. До заключения мира герцогство было передано на попечение Папы Римского, который сразу же передал управление им королю Франции. Во время переговоров, которые проходили как в Лондоне, так и в Париже и Риме, с обменом многочисленными письмами, отчетами и счетами, Бонифаций был суров с англичанами, больше из злобы на них, чем из искренней симпатии к французам. По словам одного из английских переговорщиков, Пьера Эмери, Папа обвинил лондонское правительство в том, что оно совершило ошибку, начав фламандскую авантюру вместо того, чтобы сосредоточиться на защите Аквитании, и в том, что оно наивно доверяло слову Филиппа IV, поскольку "тот, кто имеет дело с французами, имеет дело с дьяволом". Что касается Шотландии, то Папа Римский выказал свой гнев по отношению к Эдуарду. В июне 1299 года он написал документально обоснованный меморандум, доказывающий, что королевство Шотландия никоим образом не является фьефом короля Англии. Именно архиепископ Кентерберийский Уинчелси передал этот меморандум Эдуарду в разгар зимней кампании на шотландских болотах. Король был в ярости и попросил своих юристов подготовить столь же обоснованный ответ. Тем временем Папа защищал Джона Баллиола, "человека, которому, как говорят, вы доверили это королевство", писал он Эдуарду, и добился опеки над ним. "Король Франции был более тверд в своей поддержке Баллиола, чем вы в своей поддержке графа Фландрского", — снова упрекал он Эдуарда.

Филипп Красивый воспользовался этим временным и не совсем искренним и добрым расположением Папы к нему. 19 июня 1299 года в Монтрё его уполномоченные подписали договор с уполномоченными короля Англии, подтверждающий папский арбитраж от 27 июня 1298 года. Этот Монтрейский договор был ратифицирован Филиппом 3 августа, во время торжественного заседания Совета, на котором вокруг короля собрались камергер Гуго де Бувиль, коннетабль Рауль де Клермон, маршалы Симон де Мелён и Ги де Несле, хлебодар Матье де Три, советник Пьер де Шамбле, сир де Виарм, архиепископ Нарбонны Жиль Айселин, епископы Доля (Тибо де Пуансе), Осера (Пьер де Морнэ), Каркассона (Жан де Шеври), каноники Санса Николя де Шалон и Шартра Робер де Санлис, архидиакон Брюгге Этьен де Сюзи. В этом договоре король Франции обязался вернуть Аквитанию в качестве фьефа Эдуарду, королю Англии. С возвратом герцогства Филипп однако не спешил, что привело к тому, что Папа снова назвал Эдуарда наивным.