В партизанском движении взаимоотношения мусульман и христиан оставались непростыми. Идрис Мохаммед Адам не раз критиковал их за прежнее выступление за союз с Эфиопией. Тем более, что многие исламисты ФОЭ рассматривали эту борьбу как антихристианский джихад.^{15} Однако специально для христиан была создана пятая оперативная зона, которая включала провинцию Хамасен вместе со столицей Асмэрой. Это принципиально изменило отношение императорского правительства к конфликту. Если раньше он рассматривался как традиционная для этого региона война с мусульманскими повстанцами, и для борьбы с ними привлекались полувоенные части и полиция, то теперь под сомнение ставилось «христианское единство» Эритреи и Эфиопии. В 1967 году для «умиротворения» региона была привлечена целая армейская дивизия. Сопротивление ФОЭ было слабым и плохо скоординированным. И главное, эфиопское наступление едва не уничтожило ФОЭ как наднациональную и надрелигиозную организацию. Когда командующий 5-й зоны (христианин) находился в Кассале, его заместитель (мусульманин) обвинил 27 командиров-христиан в предательстве и казнил их. В ответ командующий зоны дезертировал к эфиопам и увел с собой еще 19 полевых командиров-христиан. Раскол был неизбежен. Последней каплей стали аресты, пытки и казнь после обвинения в шпионаже в пользу Эфиопии трехсот христиан. Были убиты также два высших командира-христианина в главном штабе в Кассале^{16}. Христиане вышли из организации, не чувствуя себя в ней больше в безопасности. Некоторые из них вообще отказались от борьбы.

От ФОЭ откололась также группировка Османа Салеха Сабби Фронт освобождения Эритреи — Народно-освободительные силы (ФОЭНОС). Из ФОЭ вышли также ФОЭ — Революционные силы (ФОЭ-РС) и другие организации^{17}. Причиной этого стали реформы фронта, вызванные поражением 1967 года. Штаб был перенесен из Кассалы в Эритрею. Территориальная система была ликвидирована, началась централизация командования, что вызвало неудовольствие многих полевых командиров.

Начиная с января 1972 года силы ФОЭ-НОС Османа Салеха Сабби и отряды ФОЭ в северной провинции Сахель, где присутствие эфиопских сил было слабым, развернули жестокую межфракционную войну. Имея поначалу всего 400 бойцов, но получив военную и финансовую поддержку Ливии, ФОЭ-НОС успешно отбивали все атаки противника, и война затянулась на десять лет.

Безуспешные попытки преодолеть раздирающую ФОЭ фракционную борьбу предпринимала так называемая Рабочая партия — подпольная политическая невоенная организация, связанная с ФОЭ. И тем не менее, количество атак эфиопских войск отрядами ФОЭ и ФОЭНОС продолжало возрастать, по мере ослабления императорской власти. В их рядах к середине 1970-х было до 20 тысяч бойцов, и среди новых рекрутов снова было немало христиан^{18}. Армия Эфиопии страдала от дезертирства, произошло несколько попыток военных мятежей. В ноябре 1970 года повстанцам удалось убить командующего эфиопскими войсками в Эритрее. Поддержку ФОЭ помимо Ирака и Сирии стали оказывать Китай, Куба и Южный Йемен. После ряда нападений на пассажирские самолеты «Эфиопиан Эйрлайнс» действия боевиков ФОЭ получили широкую международную огласку.

В августе 1971 года группа христианских лидеров сопротивления, которую возглавил нынешний президент страны Исайяс Афеворки (тиграй), опубликовала манифест «Мы и наши цели». Они осуждали религиозный фанатизм и методы политической борьбы ФОЭ. Но внутри нового движения существовало понимание, что сражаться в одиночку бесперспективно, если ставить перед собой такую глобальную цель, как независимость страны. И в сентябре 1973 года христианская группировка Исайяса Афеворки и мусульманская Рамадана Мохаммеда Нура объединились в движение, которое позже получило название Народный фронт освобождения Эритреи (НФОЭ), провозгласившее себя марксистско-ленинской организацией.

Дерг против сепаратистов

12 сентября 1974 года эфиопский император Хайле Селассие был низложен. Официально монархия была ликвидирована в марте 1975 года. К власти пришел Координационный комитет вооруженных сил, полиции и территориальной армии, ставший известным под амхарским названием Дерг (совет). Позже Комитет, в который вошли 109 военных, был переименован во Временный военный административный совет (ВВАС). При этом 57 высших армейских офицеров и чиновников прежнего режима были расстреляны. Еще до прихода к власти военные обнародовали программу действий «Эфиопия Тикдем» («Эфиопия прежде всего»), где помимо множества социальных и экономических реформ декларировалась необходимость укрепления национального единства страны.