Расправа с видными боярскими родами произвела большое впечатление на общество. Впоследствии многие современники видели в ней одну из причин несчастий, постигших Годунова и все государство при его правлении. Так считал, например, Авраамий Палицын, который писал, что ужасное народное бедствие — голод — явилось наказанием за грех правителя — ссылку Никитичей, а также за «премногиа» грехи «мира», т. е. всех жителей государства.

В 1601–1603 гг. на Россию обрушился недород и страшный голод. Внезапный мороз, снег и частые дожди три года подряд губили урожай. Установлено, что причиной природных катаклизмов было извержение перуанского вулкана Уайнапутина в 1600 г., которое повлекло за собой так называемую «вулканическую зиму». В эти годы пепел так сильно загрязнял атмосферу, что не давал пробиться к земле солнечным лучам, что привело к сильному похолоданию.

Русский автор, живший где-то в районе Шацка (в Рязанском крае), пишет: «Много людей с голоду мерло, а иные люди мертвечину ели и кошки, и люди людей ели, и много мертвых по путем валялось и по улицам и много сел позапустело, и много иных в разные града разбрелось, и на чюжие страны помроша и без покаяния и даров причастия, и отцы чад своих и матери невзведоша, а чады отец своих и матерей». Вторит ему и К. Буссов, служивший в столице: «… Я собственными глазами видел, как люди лежали на улицах, и подобно скоту пожирали летом траву, а зимой сено. Некоторые были уже мертвы, у них изо рта торчали сено и навоз, а некоторые пожирали человеческий кал и сено. Не сосчитать сколько детей было убито, зарезано, сварено родителями, родителей — детьми, гостей — хозяевами. Человеческое мясо, мелко-мелко нарубленное и запеченное в пирогах, т. е. паштетах, продавалось на рынках за мясо животных и пожиралось… Ежедневно повсюду на улицах по приказу царя подбирали сотни мертвецов и увозили их в таком множестве телег, что смотреть было страшно и жутко».

Смертность достигала огромных размеров. Авраамий Палицын сообщает, что в трех скудельницах (братских могилах) под Москвой было похоронено 127 тысяч человек. Вероятно, эти данные сильно преувеличены, но несомненно, что счет умерших шел на десятки тысяч.

Царь Борис как мог боролся с бедствием. Он повелел раздавать деньги и хлеб нуждающимся, организовал масштабные строительные работы в Москве, с тем чтобы прокормить население. Именно тогда в Кремле началось строительство «Святая Святых» — модели иерусалимского храма Гроба Господня, не завершенное из-за начавшейся войны с Лжедмитрием I. По сообщению Пискаревского летописца, ежедневно из царской казны раздавалось милостыни «по триста и по четыреста Рублев и выше». Энергичные меры царя по оказанию помощи страдающему от голода народу не давали своего результата — приток голодающих, устремившийся в столицу, привел к быстрому истощению казенных запасов. В то же время монастыри и бояре предпочитали придерживать свои запасы зерна, наживаясь на бедствии.

Результатом голода стало широкое распространение разбойничьих шаек, в которые собирались боярские холопы из опальных дворов, а также распущенные господами, которые не могли их кормить, и обнищавшие крестьяне. Сражение между отрядом царского воеводы Ивана Федоровича Басманова и целой армией мятежников под началом атамана Хлопка произошло под самой столицей. Басманов был убит, но разбойники потерпели поражение, а их атаман был взят в плен и повешен. Остатки армии Хлопка бежали на русско-литовское пограничье. Воеводы Годунова ловили и вешали мятежников, но волнение улеглось лишь ненадолго. Надвигались грозные события…

Москва в конце XVI — начале XVII вв.

Иностранцы, посещавшие Москву на рубеже XVI–XVII вв., восхищались размерами города и многочисленностью его строений. Авторы дошедших до нас описаний Московии сообщают различные сведения о численности дворов, монастырей, церквей и количестве жителей Москвы. Так, пишут о 30 000, 80 000, 100 000 и даже 5 миллионах жителей. Однако разные авторы едины в том, что Москва была крупнейшим городом России и по своим размерам значительно превосходила большинство европейских городов.

«Сам город — деревянный и довольно обширен, — писал австрийский посол барон С. Герберштейн о Москве первой четверти XVI в., — а издали кажется еще обширнее, чем на самом деле, ибо весьма увеличивается за счет пространных садов и дворов при каждом доме. Кроме того, в конце города к нему примыкают растянувшиеся длинным рядом дома кузнецов и других ремесленников, пользующихся огнем, между которыми находятся поля и луга. Далее, неподалеку от города заметны какие-то домики и заречные слободы, где немного лет тому назад государь Василий выстроил своим телохранителям новый город Nali… Недалеко от города находятся несколько монастырей, каждый из которых если на него смотреть издали, представляется чем-то вроде отдельного города. Следствием крайней обширности города является то, что он не заключен в какие-либо определенные границы и не укреплен достаточно ни стенами, ни рвом, ни раскатами».