Получив список Дайэса, ФБР начало расследование. В феврале 1942 года агент ФБР встретился с Хиссом и спросил, состоит ли тот в компартии. "Нет", ответил Хисс. В мае того же года агенты ФБР допросили Чамберса, который повторил сказанное им ранее Бёрли ― о подпольной коммунистической организации в Вашингтоне, не акцентируя, впрочем, вопрос о шпионаже. Отчёт агентов ФБР был направлен Эдгару Гуверу; дальнейшего развития это дело не получило. Однако в 1943 году ФБР запросило и получило от помощника президента записки, сделанные им на встрече с Чамберсом.

Между тем, Хисс продолжал контакты с представителями советской разведки. Во время войны он поставлял информацию в СССР через нелегального резидента НКВД в США И. Ахмерова[15].

В начале 1945 года ФБР направило показания Чамберса в отдел безопасности госдепартамента. 20 марта 1945 года Рэймонд Мэрфи из отдела безопасности побеседовал с Чамберсом и услышал от него, что м-р Хисс, директор отдела специальных политических операций, является коммунистом. 25 марта 1945 года Д. Ладд, заместитель Э. Гувера, встретился с Хиссом и направил отчёт в госдепартамент, рекомендуя приостановить работу Хисса там.

По-видимому, начальство Хисса не знало, что с ним делать. С одной стороны, заместитель государственного секретаря Ачесон категорически утверждал: "Хисс ― лояльный служащий". С другой стороны, редактор журнала "Тайм" лично свидетельствовал, что тот ― коммунист. Поскольку кроме Чамберса никто против Хисса показаний не давал, дело повисало в воздухе. В мае 1945 года Мэрфи беседовал с Хиссом, а два агента ФБР ― с Чамберсом.

Между делом, сотрудники ФБР неофициально передали свою информацию священнику Джону Кронину, занимавшемуся изучением вопросов, связанных с распространением коммунизма. В ноябре 1945 года вышел его отчёт "Проблемы американского коммунизма", предназначенный для католических епископов США. В нём среди известных или предполагаемых коммунистов упоминалось имя Хисса.

Тем временем против Хисса появились новые данные. 5 сентября 1945 года Игорь Гузенко, шифровальщик в советском посольстве в Канаде, попросил политическое убежище. В своих показаниях он сообщил, что сотрудник госдепартамента, близкий к государственному секретарю, работает на советскую разведку. В октябре 1945 года эти его показания очутились в ФБР.

27 ноября 1945 года директор ФБР Эдгар Гувер подписал и направил президенту, государственному секретарю и генеральному прокурору расширенный отчёт о советском шпионаже в США. В отчёте на нескольких страницах рассказывалось и о Хиссе. Гувер обратился к генеральному прокурору Кларку с просьбой разрешить прослушивание телефона Хисса и установку у него микрофонов.

11 марта 1946 года состоялся разговор нового государственного секретаря Джеймса Бирнса с Элджером Хиссом. Бирнс сообщил Хиссу, что два комитета Конгресса обвиняют его в коммунистических связях и спросил: "Вы коммунист?" Хисс ответил отрицательно. Тем не менее, в марте 1946 года имя Хисса было внесено в список лиц, которым закрыт доступ к конфиденциальной информации, а его продвижение по служебной лестнице приостановлено.

15 мая 1946 года отдел безопасности госдепартамента подготовил документ с указанием 124 служащих ведомства, данные о которых указывали на возможную нелояльность или угрозу утечки информации. Среди них было 13 "коммунистов", 77 "подозреваемых", 14 "симпатизирующих коммунизму", 20 "агентов" ― в том числе и Э. Хисс.

В ноябре 1946 года ФБР направило в Белый дом, госдепартамент, министерство юстиции показания бывшей курьерши советской шпионской сети Элизабет Бентли о Хиссе, которого она, впрочем, неправильно называла "Юджином". Э. Гувер попросил президента Трумэна разрешить предпринять меры против Хисса, но тот ответил отказом.

В конце 1946 года Элджер Хисс ушёл в отставку со своего поста в госдепартаменте. 1 февраля 1947 года он был назначен президентом Фонда Карнеги за международный мир. Рекомендовал его на этот пост Джон Фостер Даллес, являвшийся в то время председателем правления Фонда. Зарплата президента Фонда составляла $20 тыс., что было больше зарплаты членов кабинета и конгрессменов.

В мае 1947 года Хисса снова опросили представители ФБР. Их интересовал вопрос: "знает ли он некоего м-ра Чамберса?" Хисс ответил отрицательно, как и на вопрос: "был ли он коммунистом?"

В марте 1948 года Бенджамин Мандел, один из следователей Комитета, опросил Чамберса о его коммунистической деятельности в прошлом. Некоторую пикантность этой встрече придало то обстоятельство, что именно Мандел, бывший коммунист, в своё время выдал Чамберсу билет члена партии.

Комитет по расследованию антиамериканской деятельности

Года полтора Хисс спокойно руководил фондом Карнеги. Затем у него снова начались неприятности. Причиной очередных затруднений Хисса стали показания, которые дала в ФБР Элизабет Бентли, курьер советской шпионской сети.