В остальных федеральных округах перепись зафиксировала уменьшение численности населения: в Уральском федеральном округе — на 1,2 %, Приволжском — на 2,0 %, Сибирском — на 4,8 %, Северо-Западном — 8,2 % и Дальневосточном — 15,9 %. Сокращение числа жителей в Северо-Западном и Сибирском федеральных округах было обусловлено естественной убылью и миграционным оттоком населения, в Приволжском и Уральском — превышением естественной убыли над миграционным приростом, в Дальневосточном — превышением миграционного оттока над естественным приростом.
На перераспределение численности населения субъектов Российской Федерации заметное влияние оказали объемы и направления внутренних миграций населения
, которые составляют около 80 % в миграционном обороте населения России. Определяющим направлением внутренней миграции является Центр, Поволжье и Юг страны, что в результате привело к значительному сокращению численности населения районов Севера, Сибири и Дальнего Востока. За 1989–2001 годы миграционный отток из Сибирского и Дальневосточного федеральных округов в другие регионы России составил более одного миллиона человек.Численность населения за период после 1989 года сократилась в 66 субъектах
Российской Федерации. К регионам со значительным уменьшением численности жителей относятся прежде всего Чукотский автономный округ, где население сократилось в 3 раза, Магаданская область (более чем в 2 раза). Корякский (на 37 %), Таймырский (Долгано-Ненецкий), Эвенкийский (по 29 %) автономные округа. Это стало результатом значительного превышения миграционного оттока над естественным приростом населения.При этом перепись населения выявила, что фактические объемы
миграции населения выше, чем показатели регистрируемой миграции. Например, при переписи в Чукотском автономном округе, Камчатской и Магаданской областях были зафиксированы целые населенные пункты, по которым население зарегистрировано, а фактически — не проживает, так как выехало на постоянное жительство в Европейскую часть страны и не снялось с регистрационного учета в паспортных столах.В 23 субъектах Российской Федерации численность населения за прошедший период возросла. Наибольший рост отмечается Республике Дагестан — на 43 %, Кабардино-Балкарской Республике — на 20 %, г. Москве — на 17 %, Ставропольском крае — на 13 %, Республике Северная Осетия-Алания и Ханты-Мансийском автономном округе — по 12 %, Краснодарском крае — на 11 %, Белгородской и Калининградской областях — по 10 %. В республиках Алтай, Башкортостан, Дагестан, Северная Осетия-Алания, Ингушетия, Кабардино-Балкарской и Карачаево-Черкесской республиках и Ханты-Мансийском автономном округе увеличение численности населения произошло за счет естественного прироста и притока мигрантов, в остальных территориях — только за счет миграционного притока.