Князь Михаил умер, согласно панихидной записи кремлевского Архангельского собора, 23 апреля, а, значит, заболел 9 апреля 1610 г. Гетман Жолкевский в «Записках» воспроизвел версию о насильственной смерти Скопина: он «умер отравленный (как сперва носились слухи) по изветам Шуйского, вследствие ревности, бывшей между ними». Позднее гетман сделал важную оговорку: «Между тем, если начнешь расспрашивать, то выходит, что он умер от лихорадки». Первые известия Жолкевский получил из тех же источников, что и Сигизмунд III. Но в сентябре 1610 г. по прибытии в Москву он виделся с Воротынским, Шуйскими и с женой Дмитрия Екатериной. Жолкевский увез братьев Шуйских и Екатерину в Польшу. В пути он имел возможность подолгу беседовать с ними. Понятно, что пленники старались оправдать себя.

Московские Сказания сохранили некоторые подробности происшествия. Из «Рукописи Филарета» следует, что Скопин был в доме Воротынского на крестинах его сына: «…разболеся сей храбрый и разсмотрительный воевода князь Михаил Васильевич, и умре, глаголют убо неции, яко отравлен бысть, на крестинном пиру, у князя Ивана Михайловича Воротынского, егда крести сына своего Алексея, от князя Дмитреевы жены Ивановича Шуйского, от княгини Екатерины, в вине на перепиванье. И тако едва дойде до монастырню пазуху, потом пустися руда из носа и изо рта…» В окончательной редакции «Рукописи Филарета» все сведения об отравлении Скопина были тщательно вычеркнуты.

Если верить русским источникам, дочь Малюты — Екатерина Скуратова с ведома других Шуйских поднесла князю Михаилу кубок вина с ядом «на перепиванье», когда гость основательно выпил.

Именно такую смерть царь Иван IV некогда выбрал для своего двоюродного брата князя Владимира Старицкого, последнего из членов династии, который мог оспаривать трон у царских сыновей. По его приказу Малюта Скуратов, отец Екатерины, поднес князю Владимиру чашу с отравленным вином.

Может быть, Скопин не выдержал многодневных пиров в его честь и умер с перепоя? Такое предположение сомнительно. Князю исполнилось 24 года, и он был в расцвете сил. Молодой человек был рослым и обладал недюжинной физической силой. Для умершего не сразу нашли подходящий гроб, так как даже самые большие из готовых гробов оказались малы.

Почувствовав себя плохо, Скопин сумел добраться до монастыря, где к нему были вызваны немецкие доктора. Проболев две недели, он скончался. По польской версии, причиной смерти была лихорадка — жар, высокая температура. Но почти все русские источники упоминают о сильном кровотечении из носа и рта как непосредственной причине смерти.

Придворный летописец Романовых записал толки о гибели героя, но оговорился, что истины он не знает. Столь же осторожен Авраамий Палицын. Недолго поболев, отметил он, воевода «к Господу отъыде, но не вемы убо, како реши, Божий ли суд нас постиже, или злых человек умышление совершися. Единый создавый нас весть». Враждебный царю Василию псковский летописец винил в смерти Скопина не самого государя, а его братьев.

Монарх пролил слезы над гробом племянника и приказал похоронить его в Архангельском соборе Кремля с царскими почестями.

Память о Скопине осталась в исторических песнях. В 1618 г. в Москву прибыл священник Ричар Джеймс, бакалавр Оксфорда, сопровождавший королевских послов. Для него была сделана запись русских песен, одна из которых — плач по Скопине. В народе о нем плакали и московиты, и «свейские немцы». Князья Мстиславский и Воротынский горюют о славном воеводе, однако приговаривают, что взлетел он высоко, но летал недолго:

В другой песне описаны крестины у Воротынского, на которых кум — «правитель царства Московскаго» князь Скопин, а кума — жена князя Дмитрия Шуйского. За столом бояре хвалились силой и богатством, а Скопин — тем, что очистил Московское царство. Обиженные бояре подсыпали зелья в кубок со сладким медом, а жена Дмитрия Шуйского поднесла отравленную чашу.

Смерть Скопина-Шуйского роковым образом сказалась на положении дел в армии и стране. Прокофий Ляпунов обратился с посланием к городам. Он возложил всю ответственность за смерть Скопина на царя Василия и призвал не повиноваться ему. Рязань и ее пригороды, занятые ратниками Ляпунова, отложились от Москвы.

Гражданская война расколола рязанское дворянство. Ляпуновы подняли мятеж, Измайловы остались верны трону, Сунбулов осел в «воровском» лагере.

Прокофий Ляпунов нашел союзников в Москве. Среди них первенствовал князь Василий Голицын. В дни мятежа против Бориса под Кромами Голицын велел связать себя, чтобы оправдаться в случае неудачи, а Ляпунов с оружием в руках возглавил бунт.

После кончины Скопина думный дворянин Ляпунов составил новый заговор с Голицыными. По летописи, он стал думать думу большую с Голицыным на Шуйского.

Поражение под Клушином