Погибли в общей сложности 135 человек, еще 95 получили ранения и контузии. По воспоминаниям контр-адмирала Пантелеева, такое большое число жертв объяснялось плохой работой службы МПВО: «Во время налетов на перекрестках улиц стояли толпы зевак и смотрели, как падают бомбы».

До поздней ночи в Кронштадте полыхали пожары, слышались стоны раненых, по гавани в поисках уцелевших матросов шныряли катера. Подводя итоги дня, командование Балтийского флота могло с облегчением констатировать, что, несмотря на потери, главные силы – линкоры «Марат» и «Октябрьская революция», а также легкие крейсера все же остались в строю. Но главные испытания, как оказалось, были еще впереди.

В 05.15 22 сентября над Кронштадтом прошел самолет-разведчик Люфтваффе, зафиксировавший результаты вчерашних налетов. Утро на базе прошло в напряжении, которое чувствовалось повсюду, во всех ее уголках: в казематах петровских фортов, в жилых домах, на заводах, причалах, маяках, позициях зенитных батарей и, конечно, в первую очередь на многочисленных кораблях. Подводные лодки снова залегли на дно, часть кораблей сменили позиции. Среди обшарпанных корпусов линкоров, крейсеров и эсминцев шныряли буксиры и вспомогательные суда. В небо всматривались десятки наблюдателей с биноклями и стереотрубами. Но до полудня и после все было спокойно. У людей появилась надежда, что налетов в этот день уже не будет.

Однако около 15.00 с юга послышался гул приближающихся самолетов. При этом никаких сообщений с радиолокационных станций на сей раз не поступило. Наблюдатели же насчитали 70 бомбардировщиков. Фактически над Финским заливом шли 38 Ju-88A из KG77 в сопровождении истребителей из JG54. Зайдя со стороны солнца, они несколькими волнами с пикирования атаковали стоянки судов и портовые сооружения.

Из-за отсутствия электроэнергии сигнал «Воздушная тревога» на этот раз подавался весьма архаичным способом, как в средние века, а именно ударами колоколов Морского собора. И снова силы ПВО оказались не в состоянии помешать немцам. Для стрельбы по пикирующим самолетам применялись лишь морские 45-мм зенитные пушки, имевшие малую скорострельность. Хотя, по мнению самих пилотов Люфтваффе, участников налетов на Кронштадт, зенитный огонь и был очень сильным, велся он слишком беспорядочно, а расчеты и замеры выполнялись с грубыми ошибками. Бешено выпускавшиеся в небо снаряды рвались далеко за хвостами стремительно приближавшихся «Юнкерсов».

Затем ближе к ночи последовал еще один налет. В результате этих двух авиаударов были потоплены два вспомогательных судна, а еще несколько, в том числе плавбаза «Смольный», получили тяжелые повреждения. Одна 250-кг бомба взорвалась в доке «Памяти трех эсминцев», в пяти метрах за кормой стоявшего там эсминца «Грозящий», и к уже имевшимся повреждениям корабля добавились новые. Особенно тяжело во время бомбежки пришлось расчетам зенитных орудий. Например, на крейсере «Киров» ранения различной тяжести получили десятки матросов.

Атаке бомбардировщиков подвергся и Малый рейд, где стояли тральщики ТЩ-206, ТЩ-203 и ТЩ-205. Их командиры вовремя заметили пикирующие самолеты и начали маневры уклонения. В итоге им удалось избежать прямых попаданий, однако ТЩ-206 все же пострадал от близких разрывов. Корпус был буквально изрешечен осколками, позднее матросы насчитали в нем до 300 пробоин! Получили ранения многие члены экипажа, в том числе командир тральщика капитан 3-го ранга Резванцев.

При бомбежке также сильно пострадали корпусной цех Морского завода и два дока. Однако под конец дня зенитчикам все же удалось поразить малокалиберным снарядом Ju-88A-4 W.Nr.2153 из 4-й эскадрильи KG77, находившийся в тот момент на высоте 4000 метров. Был убит штурман фельдфебель Шлахтер (E. Schlachter), но поврежденный «Юнкерс» все же смог благополучно вернуться на аэродром Сиверская.

Командование ВВС КБФ поднимало в воздух все свои немногочисленные исправные истребители. Затем их пилоты смело заявили о том, что в тот день в ходе отражения налетов на Кронштадт они уничтожили восемь бомбардировщиков, но кого и где они сбили, так и осталось тайной. Забегая несколько вперед, можно сказать, что всего по состоянию на 1 октября 1941 г. в составе авиации флота числились 78 истребителей, из которых в исправном состоянии были только 57, а в ВВС Ленинградского фронта – 45 истребителей, из них 30 исправных. Истребительные полки продолжали нести тяжелые потери, причем невзирая на то, что в них начали поступать машины новых типов. Так, например, 2-я эскадрилья 5-го ИАП ВВС КБФ только в течение шестнадцати дней, с 8 по 23 сентября, потеряла 11 ЛаГГ-3, погибли, пропали без вести и выбыли из строя по ранению восемь летчиков, а полки 7-го ИАК ПВО в течение месяца лишились 39 «ЛаГГов».

Конец «Марата»