Московский двор не остался в долгу. Ранее 1589 г. власти разослали по всем церквам приказ, воспрещавший упоминать на богослужениях имя Дмитрия на том основании, что он зачат в седьмом браке, а следовательно, является незаконнорожденным. Такой приказ, утверждал английский посол, отдал священникам сам царь вследствие происков Бориса Годунова. Церковные правила строго воспрещали православным вступать в брак более трех раз. При жизни Грозного никто не смел усомниться в законности его седьмого брака. После его кончины все изменилось. Родне Дмитрия оставалось надеяться на царское завещание. Отцовское благословение само по себе утверждало взгляд на царевича как на законного наследника престола.

Борис Годунов, писал австрийский дипломат из Москвы, подавил раскрытый им боярский заговор, строго покарал повинных в крамоле душеприказчиков Грозного, а царское завещание, как говорят, разорвал. Уничтожение царского завещания было по тогдашним меркам делом неслыханным. Что толкнуло Бориса на такой шаг? Уничтожение духовной лишило претензии угличского князя юридической базы.

Смерть царевича

Борис Годунов жестоко покарал князей Шуйских и постарался обезопасить себя от интриг царицы Марии и Нагих. По его наущению царь Федор прислал в Углич дьяка Михаила Битяговского, наделенного самыми широкими полномочиями. Фактически царевич Дмитрий и его мать Мария Нагая лишились почти всех прерогатив, которыми они обладали в качестве удельных владык. Все деньги удельная семья стала получать из рук дьяка. Его постоянная опека вызывала возмущение вдовы Грозного и ее братьев. На этой почве происходили постоянные ссоры и брань.

В полдень 15 мая 1591 г. царевич Дмитрий погиб в своей резиденции в Угличе. Гибель наследника престола поставила правителя в затруднительное положение. Слухи о покушениях на жизнь Дмитрия давно носились по Москве.

Годунов проявил обычную для него осторожность и предусмотрительность. Для розыска о причинах гибели царевича он согласился составить следственную комиссию, включавшую авторитетных членов Боярской думы. В Углич были посланы лица, придерживавшиеся абсолютно разной политической ориентации.

Руководить расследованием поручили боярину Василию Шуйскому, едва ли не самому умному и изворотливому противнику Годунова, незадолго до этого вернувшемуся из ссылки. Но в помощники ему был назначен окольничий Андрей Клешнин, известный своей преданностью Борису. В то же время Клешнин доводился зятем Григорию Нагому, жившему при особе царицы Марии в Угличе.

Вся практическая организация следствия была возложена на главу Поместного приказа думного дьяка Елизария Вылузгина и его подьячих.

По прошествии времени следователь Василий Шуйский не раз менял свои показания относительно событий в Угличе, но комиссия в целом своих выводов не пересматривала.

Согласно выводу комиссии, царевич нечаянно нанес себе рану, которая оказалась смертельной. «Обыск» (следственное дело) Шуйского сохранился до наших дней. Но вид неловко разрезанных и склеенных листов невольно вызывает подозрение.

Следует ли рассматривать сохранившиеся угличские материалы как оригинал, или это беловая копия? По мнению А.А. Зимина, основная часть материалов следственного дела дошла до нас в виде беловой копии.

Если это копия, а оригиналы допросов не сохранились, то легко заподозрить, что черновики подверглись при копировании фальсификации.

Палеографическое исследование рукописи выявило примерно шесть или даже восемь основных почерков писцов. Следственная комиссия очень спешила. Главных свидетелей допрашивала боярская комиссия, в распоряжении которой были лучшие писцы. Параллельно другие писцы протоколировали показания полутора сотен второстепенных свидетелей. Отмеченное обстоятельство объясняет наличие многих почерков в документе. При составлении беловика такого множества писцов попросту не потребовалось бы. Достаточно было бы двух-трех человек.

Следователи не только записывали допросные речи, но и заставляли свидетелей ставить свои подписи на обороте листа. В тексте обыска имеется по крайней мере 20 подписей угличан. Все подписи строго индивидуализированы и отражают разную степень грамотности писавших. Бисерный почерк Андрея Нагова нисколько не похож на почерк полуграмотных дворцовых служителей или же на изысканные подписи двух угличских игуменов.

Комиссия провела огромную работу в течение примерно десяти дней, и ей некогда было изготовлять черновики, потом копировать их на беловики, меняя содержание в нужном духе, повторно отбирать подписи у свидетелей.

Следственные материалы свидетельствовали о непричастности Бориса к смерти царевича. Именно поэтому историки отказывались верить в их истинность. Гибель Дмитрия была актом большого политического значения. Вопрос «кому выгодно?» служит проверкой любого крупного события. Непоколебимая уверенность в том, что устранение последнего отпрыска московской династии было выгодно одному Борису, начисто обесценивала угличский «обыск». Есть основания утверждать, что угличское дело стало жертвой ретроспективной оценки событий.