Малый кабинет в целом дал «Моссаду» и армии «добро» на подготовку операции — убийство палестинского лидера должно было произойти в Тунисе, почти в полутора тысячах миль от Тель-Авива. Против убийства были Шимон Перес и ещё два министра, бывший командующий ВВС Эзер Вайцман и бывший президент Израиля, министр образования Ицхак Навон. Подготовка была поручена двум высшим израильским генералам, начальнику штаба Шомрону и его заместителю Ехуду Бараку.

Резидентура в Тунисе предоставила точные данные о месте проживания Вазира, его доме, даже о системе охраны и оповещения. Затем двое мужчин и одна женщина, которые использовали ливанские паспорта и свободно говорили по-арабски с ливанским произношением, прилетели в Тунис разными рейсами под видом туристов и арендовали два микроавтобуса — «фольксваген» и «пежо-универсал». Связь и руководство операцией осуществлялось с борта «Боинга-707», который пролетал над Средиземным морем в 30 милях от побережья Туниса в рамках пассажирского коридора, известного под названием «Блю-21». Ехуд Барак и Амнон Шахак находились на борту авиалайнера, крылатого штаба, и поддерживали прямую радиотелефонную связь с диверсантами. Спецназ ВМС — «сайерет-13» — обеспечил доставку в Тунис группы армейского спецназа. В ночь на 15 апреля ракетный катер высадил десант из 30 бойцов «Сайерет Маткал». Высадка происходила с резиновых лодок на туристский пляж Руад. На берегу их встретили агенты «Моссада». От места высадки было совсем недалеко до пригорода Сиди Бусаид, в котором Абу Джихад проживал со своей женой, тоже активистом ООП, и двумя детьми: дочерью и малолетним сыном. Около часа ночи 16 апреля в квартале от этой виллы диверсанты вскрыли заранее выявленный агентом «Моссада» телефонный распределительный ящик и вывели из строя телефонный кабель. К дому Вазира подъехал микроавтобус с восемью боевиками, за рулем которого сидела женщина. Разделившись на две группы, они ринулись на штурм виллы. Действовали они очень уверенно и быстро: в течение двух недель отрабатывалось каждое движение на точной копии Вазировской виллы, выстроенной в Израиле — такая подготовка считается необходимой перед любой сложной операцией. Из пистолетов с глушителями спецназовцы убили водителя Вазира и находившегося в подвале палестинского охранника. Другая группа (трое спецназовцев и оперативник-женщина, которая снимала убийство на видеокамеру), взломала дверь, застрелила тунисского охранника и проникла в дом. Абу Джихад все-таки услышал шум, схватил пистолет и начал спускаться по лестнице, ведущей со второго этажа. Выстрелить Вазир не успел — 70 пуль, снайперский автоматный огонь из трех стволов буквально изрешетил его. Больше убивать никого не стали. Жена партизанского лидера, которая называла себя Умм Джихад — «мать Джихада», — вскочила с постели, закричала «Убейте, убейте и меня!» и повернулась лицом к стене, ожидая, что её тоже расстреляют. Но спецназовец приказал её четырнадцатилетней дочери по-арабски: «Позаботься о своей матери» — и с этими словами боевики покинули дом, сели в микроавтобус и на большой скорости скрылись. Тунисские власти обнаружили только покинутые автомашины, следы людей и лодок на пляже в нескольких милях от дома Вазира.

Сразу после операции официальные израильские источники представили американской телевизионной компании «Эй-Би-Си» и газете «Вашингтон пост» довольно полную информацию о том, что сделали «Моссад» и армия. Хотя большинство израильтян одобряли действия разведки и вооруженных сил, но скоро поняли, что смерть Абу Джихада ничего не изменила, скорее наоборот его похороны (хоронили Вазира в Сирии) стали для палестинцев поводом для едва ли не самых грандиозных и неуправляемых протестов в секторе Газа и на Западном берегу. Реакция Израиля была прежней — в тот день солдаты убили 5 человек и несколько десятков ранили; тут же имена убитых и раненых стали повторяться в листовках Объединенного национального руководства как имена мучеников и героев, толпы стали их скандировать и, естественно, начинались новые забастовки, демонстрации и другие формы протеста. Происходило это в период интифады, о которой надо сказать несколько подробнее.

Интифада