Генотипирование на ДНК микрочипах является самым распространенным и относительно недорогим методом генетического анализа. Чипы позволяют одновременно анализировать сотни тысяч заранее предопределенных участков генома. Чип так устроен, что каждая ячейка в нем проверяет наличие или отсутствие только двух вариантов в одной точке генома. Но можно проверить и большее количество вариантов, если использовать данные с других ячеек и специальным образом эти данные обработать. Технология генотипирования на чипах не регулируется в РФ, однако в некоторых странах она (или ее часть – например, некоторые отдельные анализируемые участки ДНК) зарегистрирована как медицинское изделие, что приравнивает ее медицинскую ценность к ПЦР анализам. По результатам такого теста мы получаем информацию о том, какие «буквы» человек получил от своих родителей в той или иной точке генома.

Если же говорить о ДНК тестах не с точки зрения технологии, а интерпретации генетических данных, то все зависит от компании и ее политики. Компании сами выбирают исследования, которые хотят использовать для интерпретации данных пользователя и выдачи ему каких-либо результатов.

Также необходимо отметить, что ДНК-тесты, основанные на секвенировании и генотипировании на ДНК-микрочипах, не являются легальным инструментом установления родственных связей, как и не могут быть использованы для анализа некоторых заболеваний (например, спинальной мышечной атрофии). Эти тесты скрининговые, то есть не несут медицинской значимости и не могут быть использованы врачом при принятии клинически важных решений. При наличии узкого запроса и подозрении на наличие генетического заболевания необходимо использовать диагностические исследования в клинико-диагностических лабораториях при направлении лечащего врача.

Точны ли ДНК-тесты?

ДНК-тестирование за последнее десятилетие широко вошло в жизнь сотен миллионов людей в развитых странах. Компании, предоставляющие услуги генетического тестирования, предлагают множество разнообразных отчетов о наследственных заболеваниях, наследственных рисках, онкологических рисках, влиянию генетики на успешность лечения, различных физиологических особенностях и признаках, частично или полностью зависящих от генетической составляющей. Помимо банального интереса к фактам, которые можно узнать по результатам тестирования и за небольшие деньги, генетические тесты иногда помогают в буквальном смысле спасти жизнь человека, определив наличие, например, какой-либо мутации, связанной с развитием онкологических заболеваний, или с риском серьезных побочных эффектов при применении наркоза или лечения онкологического заболевания, тем самым помогая заранее предпринять действия по сохранению здоровья и снижению рисков.

Однако при всем этом иногда возникают ситуации ложноположительного определения каких-либо генетических мутаций, которые, согласно научным данным, приводят к развитию заболевания, скажем, еще в детском возрасте, в то время как тест сдал здоровый взрослый человек без клинических проявлений. Такие ситуации вызывают вопросы по поводу точности генетических тестов и степени доверия к ним. В этой главе мы попробуем раз и навсегда обозначить некоторые ключевые моменты, касающиеся качества генетического тестирования.

Начнем с одной из двух технологий, широко используемой некоторыми компаниями в продвинутых и недешевых тестах, – секвенированием следующего поколения (Next Generation Sequencing, NGS). Используемая технология производит многократное «чтение» фрагментов ДНК, где каждое прочтение (так называемый рид) имеет длину от 100 до 150 нуклеотидов («букв» ДНК). Подавляющая часть всех нуклеотидов в геноме оказывается прочитана много раз, а количество раз называется покрытием. Среднее покрытие по геному 30х говорит о том, что в среднем каждая «буква» генома была прочитана 30 раз.