Элементы пантеизма и деизма, присутствующие в произведениях Прокоповича, вливались в общее русло прогрессивного развития отечественной философии XVII — начала XVIII в., содействовали ее отходу от теологии и сближению с естественными науками. Они были восприняты и развиты дальше Козачинским, Конисским, Сковородой, Ломоносовым, Десницким, Козельским, Аничковым и другими отечественными просветителями XVIII в. Но и они не доводят защиту свободного развития науки, стремление оградить ее от насильственного вмешательства и контроля со стороны религии и церкви до требования отрицания всякой религии. Это требование выдвигается и обосновывается в трудах отечественных мыслителей-материалистов только в XIX в.

2. Отход от схоластики в учении о материи

В отличие от традиции, по которой вопросы онтологии освещались в «Метафизике», Прокопович переносит их изложение в «Натурфилософию». Уже это перенесение онтологических вопросов из метафизики в натурфилософию и соединение их с последними свидетельствует о том, что мыслитель пытался найти разгадку сущности бытия мира не в сфере сверхъестественного, а на пути изучения природы.

Основным понятием «Натурфилософии» Прокоповича, выполняющим одновременно функцию структурного ядра всего его философского учения, является понятие природного (физического) тела. Подобно Гоббсу, который считал, что Вселенная «является агрегатом всех тел… не оставляя тем самым места для пустоты…» (78, 415), Прокопович исключал из мира вещей как духовные сущности, так и пустоту. По его мнению, мир — это «материальное соединение вещей», или тел (61, 180 л.). Хотя мир и создан богом, но в нем нет ничего, что не относилось бы к телам, движущимся на основании их собственной сущности и природной причинности.

В «Натурфилософии» Феофан показывает, что только природное тело может быть адекватным объектом, изучаемым естествознанием.

Прокопович и другие профессора академии расчленяют и анализируют природные тела, выявляя общее в вещах, их субстрат, из которого все возникает и в который все превращается. Он обладает протяженностью, величиной, фигурой. Но этот субстрат рассматривается безотносительно к противоположности духа и мира, безотносительно к его познанию. Он берется вне основного вопроса философии. Прокопович пытается найти эту объективную основу или перво-признак природных тел вне их отношения к сознанию. Вследствие этого сама основа представляется совокупностью свойств, в которых она как объект растворяется, ее первичность остается чем-то само собой разумеющимся, но специально не выделяется и не исследуется.

Известно, что на определенных исторических этапах развития философии тело, вещь, вещество выступают как эквивалент материи. Но у Прокоповича тело и материя отнюдь не одно и то же. Тело, а не материя характеризуется им как субстанция. Материя же является лишь одним из определений субстанции, одним из ее оснований или принципов, ее существенной частью. Материя, по Прокоповичу, есть незавершенная субстанция. Именно в этом смысле в философском курсе Прокоповича говорится, что материя является субстанцией, а субстанция определяется через материю.

Определение природных тел как независимых и существующих самих по себе субстанций отражало в курсе Прокоповича и других профессоров киевской академии метафизическую разорванность и неизменность природы. Вместе с тем понимание их как субстанций отсекало необходимость вмешательства бога в дела природы и превращало его лишь в гаранта ее неизменности. Оно не могло не накладывать на всемогущество бога весьма серьезные ограничения. Действительно, если сущность природных тел субстанциальна, то «сущность одной вещи не может придаваться другой даже при помощи абсолютного могущества бога… Это правильно, так как сущность субстанции не есть ее существование самой по себе любым способом, а только согласным с природой, то есть ее бытие требует существования в соответствии с ее собственной природой» (133, 179).