Венский университет начал подвергаться нападкам как в парламенте, так и в Нижне-Австрийском ландтаге со стороны клерикалов и антисемитов, которые подчеркивали церковное происхождение университета. Зюсс приводит характерный пример нетерпимости. В день столетия со дня рождения Марианны Виллемер, послужившей прообразом для Сулейки в известном сочинении Гете, профессор Шмидт хотел произнести в театре города Линц (Виллемер родилась в этом городе) речь, посвященную ее памяти. Наместник разрешил произнести речь только при условии, что Гете не будет прославляться как философ.

Церковные круги не были удовлетворены изуродованием школьного закона 1869 года. Они хотели полной отмены этого закона, осужденного папой Пием IX. В начале 1888 года ряд клерикальных депутатов во главе с князем Лихтенштейном внесли другой законопроект относительно школ. И в этом законопроекте обязательный срок обучения понижался с восьми до шести лет. Церкви предоставлялся надзор не только за преподаванием религии, но и за всей деятельностью школ. Частные школы приравнивались к государственным. Руководство теми и другими, а также частными педагогическими институтами и составление положений о них предоставлялось законодательству отдельных провинций. Все это ясно показывало намерение вытеснить государственную власть из школы, чтобы заменить ее церковной и провинциальной, на которую клерикалы имели существенное влияние.

Эти предложения вызвали возмущение во всех передовых слоях населения, особенно в Вене, где произошло большое собрание граждан, на котором бурно критиковали законопроект и осудили его как тяжкое покушение на жизненные интересы населения.

В университете, согласно установившемуся обычаю, старейшие профессора факультетов поочередно в течение года исполняли обязанности ректора. На 1888/89 учебный год Зюсс, как старейший член естественно-исторического отдела философского факультета, был единогласно избран ректором. Даже профессора теологического факультета подали голоса за Зюсса, хотя он был лютеранин.

В феврале Зюссу пришлось выступить в защиту ботанического сада университета, так как министерство финансов намеревалось построить рядом с садом высокое здание для государственной типографии, которое затенило бы оранжереи и часть сада с экзотическими насаждениями. Зюссу удалось не только предотвратить гибель ботанического сада, но и отвоевать верхнюю часть его, которая до тех пор предоставлялась лишь в пользование сада, составляя собственность императора. Эта верхняя часть была ценным участком для застройки.

Зюсс собирался также восстановить пользование гимнастическим залом, который пустовал из-за споров между студенческими корпорациями.

Но в марте ректорство неожиданно прервалось по политическим причинам. После речи министра народного просвещения о школьном законе Зюсс, имея в виду необходимость своего выступления против притязаний церкви и возобновление в связи с этим нападок клерикальной партии на университет, почел за благо сложить с себя звание ректора. Министр принял его отставку.

Рабочий кабинет Зюсса

Автограф Зюсса

Последние годы политической работы. Деятельность академика

В мае 1890 года Зюсс, как член комиссии по регулированию реки, участвовал в небольшой поездке на пароходе по Дунаю. В поездке приняли также участие наместник Нижней Австрии граф Кильмансегг и министр-президент граф Таафе. Последний был очень заинтересован вопросом о включении предместий в состав Вены, так как это могло повлечь за собой большие юридические и финансовые затруднения. Он воспользовался случаем, чтобы на досуге обсудить этот вопрос с Зюссом. С включением предместий тридцать поселений должны были войти в состав Вены и, кроме того, земли восемнадцати общин прорезались новой границей города. Каждое из этих тридцати поселений имело самостоятельное хозяйство. Одни вели его хорошо, другие плохо, одни имели средства, другие были в долгах. Некоторые имели долголетние договоры с английским газовым обществом. Все желали получить водопровод, городскую железную дорогу. Увеличение расходов города требовало повышения городских налогов, падавших главным образом на здания и предприятия граждан, живущих в старой городской черте. Это вызвало их сопротивление. Но в интересах дальнейшего развития Вены, ее благоустройства и санитарного состояния включение предместий становилось государственной необходимостью.

Граф Таафе боялся предстоящих трудностей, указывая на многолюдность предместий при слабой налогоспособности их населения. Зюсс возражал ему, отмечая, что эти противоречия с течением времени будут возрастать и включение окажется еще более трудным. Разговор продолжался с перерывами целый день, и граф Таафе неоднократно обращался к Зюссу, как знатоку городских дел, и задавал ему различные вопросы.