Штраус был женат на сестре геолога Парти. У них было три дочери. Старшая, Луиза, была женой геолога Гернеса, Сидония была замужем за химиком Наттерером, который впервые добыл твердую углекислоту в стволе ружья, служившего его дяде, известному исследователю Бразилии, для охоты на колибри. Младшая, Термина, стала невестой Зюсса. Семье Штраус на родине, в деревне Марц (Марцфальва), принадлежал небольшой дом, служивший позже любимым местом отдыха Зюсса.

Из времен жениховства Зюсс вспоминает одно событие, произведшее на него потрясающее впечатление. Возвращаясь ночью вместе с Герминой из театра, он заметил, что на углу одной улицы какой-то человек наклеивает об'явление. Он заинтересовался и подошел. Человек любезно посветил ему своим фонариком. О, ужас! Зюсс прочитал о казни Безарда. Он не помнит, как добрался домой. Очнулся Зюсс только утром на своей кровати, где лежал в том же платье, в каком был в театре. Как и всегда, утром он отправился в музей, но работать не мог и пошел блуждать по городу. Ему казалось, что он слышит то мягкий голос Безарда, то душераздирающий крик Мая в камере. Воображение рисовало все время еще более ужасную картину казни Безарда.

Тяжелые впечатления требовали перемены обстановки. В это время геолог фон Гауэр принял поручение составить профиль через Альпы во всю ширину от Пассау до Дуино и пригласил Зюсса участвовать в этой работе. Зюсс получил отпуск и попросил себе самую высшую часть профиля через горы Дахштейн, надеясь повторить восхождение на высшую точку известковых Альп, выполненное Симони. Ему хотелось физическими упражнениями укрепить свою нервную систему.

В те времена в Альпах приходилось довольствоваться ночлегом на сеновале, чашкой молока и куском черного хлеба для трапезы. Не было хороших топографических карт, и геолог должен был носить на спине длинный ртутный барометр для определения высот. Выпадение снега часто прерывало работу в горах, поэтому приходилось брать с собой запас провианта. Восхождение на Дахштейн удалось только в начале сентября. Зюсс и его спутник Валльнер вышли еще ночью из хижины пастухов. Рано утром они миновали ледник, но широкая трещина между льдом и скалами преградила путь. Из двух веревок, которые еще Симони прикрепил для под'ема на верхнюю пирамиду, одна подгнила и сразу оборвалась, другая на значительную длину оледенела. Но препятствия были преодолены, и альпинисты достигли вершины. Зюсс впервые видел раннее утро на высоких горах и был поражен красотой природы. Глубоко внизу сверкал ледник, в других долинах в полумраке тянулись полосы тумана, над которыми выступали скалистые гребни и вершины, уже ярко освещенные лучами солнца. С одной стороны расстилалась зеленая равнина, а с другой — цепи гор тянулись до самого горизонта.

После этих работ к знакомству с гранитным ландшафтом Карлсбада, известковыми и сланцевыми горами Праги и третичными пейзажами Вены прибавилось знание известковых Альп. Контраст между массивом Богемии и формами Альп казался Зюссу необ'яснимым, и разрешение этой загадки сделалось одной из задач его жизни.

Несмотря на успехи Зюсса в геологии, отец беспокоился об его будущности. Его фабрика расширилась, он хотел со временем передать ее Эдуарду и его двум младшим братьям. Но Эдуард выбрал себе другую карьеру, и отец опасался, что она не даст ему ни самостоятельности, ни достаточных средств для содержания семьи. Фабрика требовала большого оборотного капитала, который, в случае выхода Эдуарда из дела, достался бы его братьям вместе с фабрикой. Это огорчало отца, и он сделал последнюю попытку. Он дал Эдуарду средства на свадебное путешествие в Париж и обещал ему ежегодное пособие после свадьбы, но с условием, что Эдуард будет исполнять обязанности помощника бухгалтера. Этим он надеялся удержать сына на фабрике и облегчить ему возврат к ней в случае крушения научной карьеры.

В июне 1855 года состоялась свадьба Эдуарда, после которой он с Герминой поехал в Париж.

«Экстраординарный профессор без жалованья»

Зюсс продолжал работать в музее, занимаясь систематизацией плеченогих и обработкой коллекции, собранной в Альпах, посвящая вместе с тем вечера, согласно желанию отца, изучению процесса выработки шагреневой и лакированной кожи.