Тем временем в октябре 1653 г. в Москве состоялся новый Земский Собор, на котором по новому прошению гетманских послов И.Е. Выговского и Г. Г. Гуляницкого было принято решение о принятии Запорожского войска под руку русского царя и начале войны с Польшей. Для оформления этого решения в ставку Б. М. Хмельницкого было послано великое посольство в составе боярина В. В. Бутурлина, околь-ничьих И.В. Алферова и А.М. Матвеева и думного дьяка Л.В. Лопухина. В январе 1654 г. в Переяславле состоялась Общевойсковая Рада, на которой были официально одобрены все статьи договора, определявшие условия воссоединения Малороссии с Россией, а сам гетман, полковники, старшины и представители 166 «черкасских» городов дали присягу быть «вечными подданными его царскому величеству всероссийскому и наследникам его».

В марте 1654 г. в Москве в присутствии царя Алексея Михайловича, членов Боярской думы, Освященного собора и гетманских послов, полковников С.З. Богдановича и П. И. Тетери был подписан исторический договор о воссоединении исконных русских земель с Россией. В соответствии с «мартовскими статьями»: 1) на всей территории Малороссии сохранялась прежняя административная, то есть военно-полковая, система управления, «чтоб Войско Запорожское само меж себя Гетмана избирали и Его Царскому Величеству извещали, чтоб то Его Царскому Величеству не в кручину было, понеже тот давный обычай войсковой»; 2) «В Войске Запорожском, что своими правами су-живалися и вольности свои имели в добрах и в судах, чтоб ни воевода, ни боярин, ни стольник в суды войсковые не вступалися»; 3) «Войско Запорожское в числе 60 000 чтоб всегда полно было» и т. д. Причем, что особо интересно, в «мартовских статьях» особо оговаривался конкретный размер государева жалованья и владений всей казацкой верхушки, в частности войскового писаря, войсковых судей, войсковых полковников, полковых есаулов и сотников.

Принимая Запорожское войско или «Гетманщину» под свою высокую руку, царь Алексей Михайлович, безусловно, учитывал неизбежность войны с Польшей, поэтому решение было принято только тогда, когда русская армия была в состоянии начать новую войну со своим давним и сильным противником. Новая русско-польская война (1654–1667) началась в мае 1654 г., когда 100-тысячная русская армия выступила в поход в трех главных направлениях. Царь Алексей Михайлович во главе основных сил двинулся из Москвы на Смоленск, князь А.Н. Трубецкой со своими полками выступил из Брянска на соединение с войсками гетмана Б.М. Хмельницкого, а боярин В. Б. Шереметьев из Путивля вышел на соединение с запорожскими казаками. Чтобы предупредить возможное выступление турок и крымских татар, тогда же на Дон был послан боярин В.А. Троекуров с наказом донским казакам зорко стеречь крымские рубежи, а при необходимости выступить против неприятеля.

Но к лету 1655 г. серьезно осложнилась ситуация на территории самой Малороссии, поскольку часть казацкой старшины, которая не признала решений Переяславской Рады, поддержала польскую шляхту, и гетману С. Потоцкому удалось собрать и вооружить новую армию. Однако уже в середине июня 1655 г. полки Б.М. Хмельницкого, А.Н. Трубецкого и В.В. Бутурлина разгромили поляков под Львовом, а сам город взяли в кольцо. Тем временем новый крымский хан Магомет-Гирей решил оказать помощь Варшаве и вторгся в пределы Польской Украины, но в районе Озерной он был разбит и поспешно ретировался в свои земли. После этих событий польский король Ян II Казимир в панике бежал в Силезию, а литовский гетман Я. Радзивилл переметнулся к шведам.

Гражданская война в Малой Руси

По завещанию Б.М. Хмельницкого, гетманскую булаву передали его сыну Юрию, но ввиду его малолетства, казацкая старшина, созвав в Чигирине новую Общевойсковую Раду, вручила гетманские полномочия генеральному писарю Запорожского войска И.Е. Выговскому, который вскоре изменил Москве и в июне 1658 г. подписал с Варшавой Гадячский мирный договор.

В августе 1658 г. войска И.Е. Выговского, ударив по тылам русских войск, взяли Полтаву, Лубны и Глухов, что крайне осложнило ситуацию на «украинском фронте». Поэтому русская армия срочно прекратила боевые действия против шведов, а в конце декабря 1658 г. московские послы подписали со шведскими послами трехлетнее перемирие в Велиесаре, по которому передали Стокгольму все завоеванные земли в Прибалтике. В начале 1659 г. крымско-шляхетская армия под командованием И.Е. Выговского и Магомет-Гирея нанесла крупное поражение русским войскам под Конотопом, где погибла лучшая часть поместной конницы во главе с князем А.Н. Трубецким. Тем временем против запорожского гетмана выступила Правобережная Малороссия, которую вскоре поддержали и в Левобережье. В результате И.Е. Выговский в панике бежал в Варшаву, а новым гетманом Запорожского войска был избран Ю.Б. Хмельницкий. Увы, это была весьма слабая личность, страдавшая запоями.