Слухи о погроме в Комарицкой волости распространились по всей России. Автор «Иного сказания» записал, что царь приказал опустошить Комарицкую волость и в ярости убивал «не токмо мужей, но и жен и безлобивых младенцев, ссуших млека, и поби от человек до скота». Волость была разграблена: «И имения их расхищены быша и домове до конца разорены быша и огнем пожжены быша, вся в прах преврати».

То был первый случай в истории Смуты, когда мужики подняли оружие против властей, пренебрегли присягой московскому царю, взяли под стражу его воевод и приказных людей. Власти проявили неслыханную жестокость при подавлении мужицкого бунта.

Мятеж на Брянщине можно считать первым массовым бунтом крестьян в Смутное время. Он охватил не одну, а несколько волостей. Но вопреки мнению авторитетных исследователей, то не была вспышка крестьянской войны, точно так же как поход самозванца не был формой интервенции «польских феодалов». Польское вмешательство послужило внешним толчком к гражданской войне в России. Королевская армия в войне не участвовала.

Даже на первом этапе, в особенности после отъезда Мнишека в Польшу, силы вторжения играли ограниченную роль. После поражения под Севском остатки иноземных наемных отрядов бежали за пределы России.

Разгром Комарицкой волости и прекращение внешнего вмешательства неизбежно сказались на дальнейшей истории Смуты. Единодушию московских дворян, выступивших против иноземного вторжения, пришел конец.

Мятеж в южных крепостях

Воеводы Мстиславский и Шуйский одержали победу над самозванцем, но не осмелились преследовать его армию и довершить ее уничтожение. Иезуиты Чижевский и Лавицкий, находившиеся в лагере Лжедмитрия под Севском, записали в своем дневнике: «Враг мог гнаться за нами, догнать, перебить и сжечь лагерь, но он остановился от нас, не дойдя мили, и не решился воспользоваться своей удачей». Причиной медлительности явилось не предательство, а, скорее, бездарность бояр. Князь Мстиславский, князья Василий и Дмитрий Шуйские были представителями самых родовитых семей, но они не обладали никакими воинскими доблестями.

Воеводы могли двинуться к границе, чтобы изгнать самозванца из пределов страны. Но, оставаясь под впечатлением одержанной победы, бояре считали, что самозванцу не удастся собрать новое войско и что война практически закончена.

Мстиславский прибыл в окрестности Рыльска на другой день после бегства оттуда Отрепьева. Лишившись армии, Лжедмитрий не мог укрепить гарнизон Рыльска сколько-нибудь значительными силами. Покидая город, он поручил его оборону местному воеводе князю Г. Б. Долгорукому. В распоряжении Долгорукого было несколько казачьих и стрелецких сотен. Имея несколько десятков тысяч человек, бояре рассчитывали быстро покончить с сопротивлением Рыльска. Но они ошиблись. В обороне города участвовало все население Рыльска. Горожане знали, что им нечего ждать пощады, и сражались с исключительной стойкостью. На все предложения о сдаче они отвечали, что стоят «за прирожденного государя». В течение двух недель царские воеводы бомбардировали город, пытаясь поджечь деревянные стены крепости. Однако выстрелы пушек с городских стен не позволили им придвинуться вплотную к городу. Общий штурм крепости не удался, и на другой день после приступа Мстиславский снялся с лагеря и отступил к Севску.

После того как воеводы покинули окрестности Рыльска, жители города произвели вылазку и разгромили русский арьергард, который должен был оставить лагерь в последнюю очередь. В их руки попало немало имущества, которое воеводы не успели вывезти из лагеря. Самозванец поспешил распустить слух о том, что Мстиславский понес серьезное поражение, потеряв до 1000 убитыми и 200 пленными.

Дворянское ополчение не привыкло вести войну в зимних условиях, среди заснеженных лесов и полей. Трудности усугублялись тем, что армии приходилось действовать в местности, охваченной восстанием, среди враждебно настроенного населения. Находясь в окрестностях Рыльска, армия не имела надежных коммуникаций. Она оказалась в полукольце крепостей, занятых неприятелем. Сторонники Лжедмитрия удерживали в своих руках на севере — Кромы, на юге — Путивль, на западе — Чернигов. Они отбивали обозы с продовольствием, чинили помехи заготовке провианта и фуража.

После утомительной зимней кампании царские полки стали таять. Не спрашивая «отпуска» у воевод, дворяне толпами разъезжались по своим поместьям. В таких условиях главные воеводы — Мстиславский, Шуйские и Голицын — приняли решение вывести армию из восставшей местности и распустить ратных людей на отдых до новой летней кампании.

Отступление воевод от Рыльска вызвало гнев царя Бориса. Не теряя времени, царь направил в полки окольничего П. Н. Шереметева и главного дьяка А. Власьева с наказом сделать выговор воеводам: «…пенять и роспрашивать, для чего от Рыльска отошли». Годунов строжайше запретил боярам распускать ратных людей, что вызвало открытый ропот в армии.